In epoca romana, al posto dell'attuale chiesa, si trovava un tempio dedicato alle ninfe dell'acqua, realizzato a ridosso di una sorgente considerata sacra. Una serie di edifici si susseguirono nel tempo, con un importante intervento nel Trecento e Quattrocento e la definitiva sistemazione nel Seicento. Forse anche l'imponenza classica del nuovo edificio contribuì al fenomeno di progressiva sommersione, che venne probabilmente innescato dal terremoto del 1703